Det hyppigste symptom er smerter.
Hvis stenen er gået ned i urinlederen og blokerer for urinen sker der en trykstigning, som giver anledning til smerte. Disse smerter kan komme som et lyn fra en klar himmel, og være meget stærke og ledsaget af kvalme og opkastninger.

Smerterne ved det akutte nyrestensanfald er af udnævnt til den værste smerte af alle typer smerter.

Der er ikke nogen sammenhæng mellem graden af smerter og situationens alvor eller stenens størrelse.
En lille sten på 3 mm, som meget hurtigt passerer fra nyren ned gennem urinlederen og sætter sig fast ved urinlederens indløb i blæren kan medføre meget svære smerter og et "dramatisk" sygdomsbillede, selvom det er ufarligt, og stenen formentlig passerer af sig selv efter 1-2 dage.

Smerten er typisk lokaliseret i siden og bagtil i lænden (flanken) og kan stråle ned mod lysken og skridtet. Smerterne er ofte turevise (kolikagtige) på grund af rytmiske sammentrækninger (peristaltik) i urinlederen.

Hvis stenen er lokaliseret i nyrebækkenet kan smerterne veksle fra smertefrihed til murrende smerter, og kan også give anledning til periodisk stærke smerteanfald, når stenen lægger sig og lukker af for nedløbet i urinlederen.

Sten lokaliseret i calyces giver ikke stærke smerter, men kan forårsage svagere smerter og ubehag, ofte med forværring ved fysisk aktivitet som f.eks. løb.

Alle sten kan give blod i urinen. Hvis der er blod i urinen, skal man ved undersøgelser (røntgenundersøgelse og kikkertundersøgelse af blæren) sikre sig at blødningen ikke skyldes anden årsag, som f.eks. kræft.

Nyresten kan være ledsaget af urinvejsinfektion (nyrebækken betændelse), som også giver smerter i nyren og feber. Blokeret afløb fra nyren samtidig med infektion er en alvorlig tilstand, som skal behandles akut.

Ikke alle nyresten giver dog symptomer. Undertiden findes nyresten tilfældigt ved røntgen eller ultralyds-undersøgelse som er udført af anden årsag.