Nyresten kan bestå af et eller flere forskellige stoffer som udskilles i urinen. Som nævnt andetsteds er der mange årsager til nyresten, og de kan derfor også have meget forskellig sammensætning.
I nogle tilfælde skyldes stendannelse, at der udskilles for meget af stoffet i urinen, i andre tilfælde en ubalance mellem stofferne i urinen. Ligesom der er grænser for hvor meget salt eller sukker man kan opløse i et glas vand, er der grænser for hvor stor mængde af et stof som kan være opløst i urin. Hvis denne grænse overskrides kaldes opløsningen overmættet og stoffet udfælder, og kan samle sig som sten. Hvor meget der kan opløses afhænger ofte af urinens surhedsgrad (pH), således at visse sten dannes i sur urin (lavt pH) og andre i basisk urin (højt pH). Der er ofte også under normale forhold store mængder af forskellige stoffer i urinen uden at der dannes sten. Dette skyldes en balance mellem de forskellige stoffer i urinen. Vi ved at visse stoffer i urinen hæmmer stendannelse (f.eks. citrat og magnesium). Et lavt indhold af citrat i urinen øger risikoen for nyresten.