Nyresten kan have forskellig kemisk sammensætning. Den hyppigste stentype er calcium-oxalat sten.
Den simpleste inddeling af sten efter kemisk sammensætning er:

  • De kalk-holdige sten (calcium-oxalat, calcium-fosfat og blandede calcium-oxalat-fosfat sten)
  • Infektionssten (magnesium-ammonium-fosfat sten og visse carbonat-apatit sten)
  • Urinsyre sten
  • Cystin sten

Der ses ofte en blanding af forskellige stentyper, f.eks. indeholder calciumoxalat sten ofte lidt carbonat-apatit eller calcium-fosfat, og der kan også ses sten som består af både calcium-oxalat og urinsyre.

Analyse af sten (bestemmelse af den kemiske sammensætning) giver ikke nødvendigvis en forklaring på hvorfor stenen er dannet. Langt den hyppigste stentype er calcium-oxalat, og der kan være mange forskellige årsager til at disse dannes. Påvisning af calcium-oxalat sten har derfor ikke nogen umiddelbar konsekvens.

Påvisning af cystin, urinsyre, struvit og calcium-fosfat sten har betydning for valg af behandling og forebyggelse.